Quy chế phối hợp quy định về nguyên tắc, nội dung và các quan hệ phối hợp giữa Ban Quản lý Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ, Chi cục Thủy sản Quảng Trị, Đồn Biên phòng Cồn Cỏ và Công an huyện đảo Cồn Cỏ nhằm quản lý hoạt động nghề cá; phòng ngừa, ngăn chặn, phát hiện và xử lý các hành vi xâm hại, khai thác bất hợp pháp nguồn lợi thủy sản; thực hiện nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền, giữ gìn an ninh, trật tự, bảo vệ tài nguyên môi trường biển; quản lý, bảo vệ Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ.
Nội dung chính của Quy chế phối hợp gồm 3 Chương, 10 Điều. Các bên tham gia trong Quy chế phối hợp, Nội dung chính của Quy chế phối hợp là Điều 10.
Hoạt động phối hợp giữa các bên liên quan nhằm mục đích bảo vệ và phát triển tài nguyên biển, đảo. Mọi yêu cầu phối hợp giữa các lực lượng phải được các bên có liên quan trong Quy chế này tạo điều kiện dễ dàng, thuận lợi, nhanh chóng, kịp thời, đảm bảo sự đoàn kết, thống nhất, hỗ trợ lẫn nhau thực hiện nhiệm vụ được giao, không tạo ách tắc trong việc thực hiện nhiệm vụ riêng và công việc nội bộ của nhau; Giữ bí mật về lực lượng, phương tiện, biện pháp nghiệp vụ trong xử lý tình huống theo quy định của Nhà nước.
Nguyễn Văn Hòa-Giám đốc Ban Quản lý Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ